מי שהיה עולה לביתו של מרן החזון איש, היה פוגש בו תדיר בחדר לימודו. שלוש פעמים ביום, היה יוצא מחדר לימודו, ושם פעמיו לעבר בית המדרש ששכן בביתו, שם היה מתפלל בכוונה רבה, ומעתיר על עם ישראל. ידוע, שרבים היו מבקשים שיזכיר אותם בתפילתו, וכאב רחום שלא זכה בעצמו לילדים, היה מעתיר על המבקשים, משל היו בניו.
לא רבים זכו להתפלל יחד עם מרן החזון איש. בית המדרש לא היה גדול, ומשכך יחידי סגולה היו זוכים להשתתף עמו בתפילתו, ולחזות בעבודת התפילה שלו.
סגולות רבות מייחסים לכוח התפילה בבית המדרש של מרן החזון איש. כאז, כך היום, בית המדרש ממנו בקעו תפילותיו של מנהיג הדור, מהווה מקום תפילה מסוגל ביותר, שכוח התפילה בו עולה ומרקיעה שחקים, ומגיעה עד לכסא הכבוד.
על בית מדרשו של מרן החזון איש, התבטא הגאון רבי אליהו מן, תלמידו של מרן שר התורה רבי חיים קניבסקי זצוק"ל, ששמע ממנו שהוא "מקום קדוש ומסוגל לתפילה".
ואכן, ברבות השנים, ולאחר שיפוץ שעבר המקום ביוזמת 'בית מרן החזון איש', הפך בית המדרש למקום תפילה, אליו עולים מרנן ורבנן עמודי התפילה בדורנו, להתפלל בצוותא עם תינוקות של בית רבן על צרת עם ישראל, ורבים זוכים לישועה.
מזה מספר שנים, שביום ההילולא, עולים גדולי ישראל ביניהם מרן ראש הישיבה הגאון רבי דוב לנדו, מרן הגאון רבי ברוך דב פוברסקי, מרן הגאון רבי מאיר צבי ברגמן, מרן הגה"צ רבי שמעון גלאי, מרן הגאון רבי שרגא שטינמן, ועוד גדולי עולם, לערוך תפילה על צרת היחיד והרבים, דווקא בבית המדרש שבביתו של מרן החזון איש, ורואים בכך כוח מיוחד וסגולה נפלאה.
